Война Гэмпэй (1180-1185 гг.) получила своё название по сочетанию иероглифов, обозначающих Минамото и Тайра. Соперничество за власть между ними было необычайно жестоким. Оба старинных клана происходили от императорских династий и были достаточно могущественны. Представители клана Тайра имели тесные связи с Императорским Двором и были известны как доблестные воины, талантливые художники и писатели. Их противники из семейства Минамото являлись неотёсанными мужланами. Оба клана презирали друг друга. Представителями третьей силы являлись монахи (сохэй), воевавшие то за Тайра, то за Минамото. После нескольких лет войны и жестоких боёв с переменным успехом, в заливе Данноура произошло морское сражение, в котором Тайра были окончательно разгромлены. Ещё несколько лет шла борьба за власть в самом семействе Минамото. Наконец в 1192 г. Минамото Ёритомо был провозглашён сёгуном и приступил к формированию нового органа власти – военного правительства. Своей резиденцией он выбрал город Камакура.

В начале 13 века власть перешла в руки клана Ходзё, правившего страной в течение нескольких относительно мирных десятилетий, до тех пор, пока монгольский хан Хубилай не вторгся в Японию. Обе попытки вторжения, в 1274 и в1281 гг. были отражены мужественными и решительными действиями самураев. Во время второго вторжения разразился сильный шторм, получивший название «камикадзе» («божественный ветер»), который уничтожил монгольский флот.

Командиры и знатные самураи нередко украшали свои шлемы позолоченными рогами – кувагата.